上海新华医院与北京三博医院除了性质不同以外，在其他方面也有很大的差异，例如重点专科、人才储备、诸多荣誉、社会责任等等都有不同：

1、重点专科

上海新华医院有10个国家临床重点专科，国家卫生计生委儿童结石病诊疗中心、上海市小儿外科临床医学中心、上海市危重孕产妇和新生儿抢救中心、上海市产前诊断中心。北京三博医院的神经外科是国家临床重点专科。

2、人才储备

上海新华医院现有员工3490人，有博士生导师63名、硕士生导师130名。北京三博医院总共拥有博士生导师 14 人，硕士生导师 24 人，累计培养研究生、博士后 200 余人。

3、诸多荣誉

上海新华医院是全国先进集体、全国卫生系统先进单位、全国卫生系统卫生文化建设先进单位和上海市文明单位。北京三博医院现为国家临床重点专科(神经外科)建设单位、国家现代医院管理制度试点医院、国家药物/医疗器械临床试验机构、国家医疗保障局异地结算医保定点医院。

4、社会责任

上海新华医院作为龙头组建“新华－崇明医疗联合体”，实现岛内24家公立医院的资源共享。受上海市委、市政府委托，负责统筹协调“喀什地区二院重点学科建设项目”，打造南疆医学中心。北京三博医院参与北京奥运保障、疫情防控，支援贫困与受灾地区，参与了“天使妈妈”、“爱心妈妈”、“融化渐冻的心”“中国梦脊梁工程”等公益救助项目，无偿救治数百位患者，资助贫困病人达 1318 万。

除此之外，北京三博医院总投资过亿，床位 256 张，为北京市三级医保定点神经专科医院。医院以神经外科为主体，亚专科设置齐全，设有8个病区，配备了百级净化手术室、层流 ICU、306 通道脑磁图、Rosa 机器人手术导航系统等医疗设备。而上海新华医院有氩氦低温手术系统、移动式术中磁共振成像系统、高压（低压）氧治疗舱和准分子激光等组成了强大的现代化医疗设备阵容，确保了诊断和治疗的品质。