自闭症不能确定是9号染色体有问题，目前已知的与自闭症相关的染色体有有7q、22q13、2q37、18q、Xp，另外，某些性染色体异常也会出现自闭症的表现，如47、XYY以及45、X/46、XY嵌合体等。较常见的表现出自闭症症状的染色体病有4种：脆性X染色体综合征、结节性硬化症、15q双倍体和苯丙酮尿症。

自闭症发病原因有以下几方面：

1、遗传因素

自闭症常发生在婴儿及儿童身上，遗传因素是自闭症发病的主要原因，各种研究均显示自闭症与遗传因素关系非常密切，遗传度高达80%~90%。

2、家庭因素

与儿童从小的生长环境也有很大关系，比如父母感情不和，造成儿童对周围环境的恐惧以及内心缺乏安全感，就容易引发自闭症。

3、脑结构功能异常

目前的研究显示，自闭症患儿存在脑结构和功能的异常，部分自闭症患者存在小脑发育不良、脑干萎缩、杏仁核缩小、拼胝体缩小、海马缩小、侧扣带回缩小、早期脑体积增大等。

4、母孕期不利因素

如果怀孩子的时候父母都是高龄，并且母亲在怀孕期间有先兆流产、病毒感染、吸烟、服用某些药物、情绪不稳、出生时缺氧或窒息等情况，那么孩子自闭症的概率很大。