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正常情况下，二代试管婴儿不管是男孩还是女孩都是有可能的，并且概率各占50%，但要注意的是，每对夫妻男方的基因情况不同，导致生男生女的概率也会不一样，例如如果男方有基因遗传关系的兄弟相对比较多的话，则大概率会生育男孩。
反之，男方有基因遗传关系的姐妹数量相对比较多的话，则生育女孩的概率会更大一些，但这时也不能保证百分之百成功生育女孩，因为宝宝的性别还是随机的，而基因关系只占据了很少一部分。因此到底是生男孩还是女孩，建议各位不孕不育症夫妇以自身实际情况为准。
二代试管婴儿技术不会检查胚胎的性别，也不会对某一性别的胚胎进行筛选，因此不可以选择婴儿性别。目前只有三代试管婴儿技术可以选择婴儿的性别的，但是在性别选择方面有严格的指征，只适用于有性别遗传类疾病的夫妇，例如，如果这对夫妇生的男婴全部都会患病，就可以通过三代试管婴儿技术选择性的生女婴。但是如果没有遗传疾病风险，只是夫妇个人的偏好，希望生女婴或是男婴，就不符合我国法律规定，不能进行三代试管婴儿。
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