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2024年上海新华医院的儿科和复旦儿科相差不大，都能儿童提供比较好的医疗项目，其中新华医院儿内科经历了半个多世纪的发展，学科门类齐全，医、教、研各方面成绩斐然，现已成为教育部211重点建设学科和上海市教委重点学科。而复旦大学附属儿科医院系国家卫计委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位。
上海新华医院和复旦儿科医院属于两种类型不同的机构，上海新华医院是新中国成立以来上海自行设计建设的首家综合性医院，里面不管是儿科、妇科、眼科、皮肤科等科室都设立的有；而复旦儿科医院则是一家准了医院，主要侧重点是儿科。
另外，两家医院设立的重点科室也不同，例如新华医院现有10个国家临床重点专科，国家卫生计生委儿童结石病诊疗中心、上海市小儿外科临床医学中心、上海市危重孕产妇和新生儿抢救中心、上海市产前诊断中心、上海市听力障碍诊治中心以及7个上海交通大学专病诊治中心。
而复旦大学附属儿科医院拥有7个国家临床重点专科，包括新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业。
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