上海中山医院与上海长征医院的整体区别还是很大，一般主要表现在医生储备、医疗设备、荣誉，以及科研状况等等几个部分：

1、医生储备：上海中山医院有中国科学院院士2人，中国工程院院士2人，高级职称700多人。上海长征医院现有高级职称专业技术人员244名，其中中国工程院院士1名，“国家千人计划”、“长江学者特聘教授”各1名，“国家杰青”3名，在职三级以上教授11名；

2、医疗设备：上海中山医院拥有先进的医疗设备，包括螺旋断层自适应放疗系统（Tomo）、PET-CT、320排640层超速螺旋CT、全数字平板式心血管造影机（DSA）、直线加速器等等。而上海长征医院有医疗仪器设备6500多台（件），其中核磁共振成像仪（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、64排多排螺旋CT、核素扫描仪、彩色多普勒超声仪、碎石机等大型医疗仪器100多台；

3、荣誉：上海中山医院连续32年蝉联上海市文明单位，获得全国文明单位、全国五一劳动奖状、全国医院医保管理先进单位、上海市卫生系统文明单位。而上海长征医院先后被评为全国“双拥模范单位”、“全国医院文化建设先进单位”、上海市卫生系统“医院文化建设十佳单位”；

4、科研状况：上海中山医院近十年来，获得国家教学成果二等奖1项，上海市教学成果特等奖1项、一等奖2项、二等奖2项，作为主要研究单位，荣获国家级教学成果特等奖1项、上海市教学成果特等奖2项。上海长征医院获得国家科技进步二等奖2项、国家教育部全国高等院校优秀研究成果科学技术进步二等奖1项、中华医学科技一等奖1项、上海市科技进步一等奖3项、军队医疗成果一等奖2项、上海市医学科技一等奖2项、省部级二等奖11项等等。

另外，两家医院在科室上的区别也很大，上海中山医院的心脏、肝脏、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位；而上海长征医院具有骨科、神经外科、肾内科、泌尿外科、整形外科、急救科等六大传统优势学科。