新生儿感染巨细胞病毒并不会自愈，在发现感染后，需要及时就医，接受医生的治疗，在治愈后，巨细胞病毒会长期或者终身存在于人的体内，所以新生儿 感染巨细胞巨细胞病毒后，是有可能终身携带病毒的。

新生儿巨细胞病毒感染是由人类巨细胞病毒所引起的，一旦侵入人体，病毒将长期或终身存在于机体内，当机体免疫力正常时呈潜伏状态。

新生儿感染巨细胞病毒的治疗方法如下：

1.新生儿感染巨细胞病毒在确诊后，可以用更昔洛韦静脉治疗效果较好，要保证一定长的治疗周期，前期最少要1个月，一个月之后，根据实验室的复查结果情况，听从医生建议，决定是否继续治疗;

2.在治疗期间要监测新生儿的肝肾功能，新生儿感染巨细胞病毒，容易导致全身多脏器损伤、眼底病变;

3.新生儿如果确诊有巨细胞病毒感染，在进行对新生儿抗病毒治疗的基础上，早期可以结合肢体大运动功能训练等进行康复治疗。

一般来说，病毒是通过母体感染新生儿的，如通过胎盘、产道、母乳、唾液等渠道，大多数是在母体内和出生后接触到母体内的带有病毒的体液导致的。

综上所述，新生儿在感染巨细胞病毒后，并不能够自愈，新生儿也会长期或终身携带巨细胞病毒，在发现新生儿感染巨细胞病毒之后，一定要到医院及时就医，防止病情的进一步恶化。