上海长海医院是海军的医院，也是第二军医大学的医院。从临床来说，上海长海医院于1993年医院首批评为三级甲等医院，1999年荣膺“全国百佳医院”称号，先后被评为全国“支援西部地区医院工作先进单位”，全军“思想政治建设先进单位”、“医院文化建设先进单位”等。

另外，上海长海医院现有国家临床医学研究中心1个，国家级重点学科15个，国家卫生部临床重点专科5个，全军医学专科研究所（中心）18个、重点实验室2个，全军或上海市护理示范基地10个，上海市重点学科1个、医学重点学科2个、临床医学中心2个、专业质控中心7个、示范学科1个等。

上海长海医院不是海军总医院，前者在上海市杨浦区长海路168号，而后者的全称是人民解放军海军总医院，在北京市海淀区阜成路6号。一般来说，上海长海医院位于东海之滨、黄浦江畔，该院的医疗服务特色鲜明，拥有亚洲一流水平的门急诊大楼，全球最先进的达芬奇手术机器人系统，综合技术最先进的消化内镜诊疗中心等。另外，人民解放军总医院第六医学中心组建于2018年11月，前身为原海军总医院，是集卫勤、医疗、教学、科研、保健于一体的医学中心。