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三代试管胎停的原因是胚胎的植入前诊断只是检查了基因而没有筛查染色体，可能会因为染色体异常而导致流产，还有就是及时进行了染色体筛查，有可能是由于胚胎其他的因素，比如染色体嵌合体，线粒体或者其他的一些发育潜能的原因，进而导致胚停，还有一种就是胚胎没有问题，也有可能会因为孕妈的体质和注意事项没有做好导致胎停，所以三代试管胎停的情况还是比较多的。
第三代试管婴儿的技术也被叫做是胚胎植入前遗传学诊断/筛查，防止遗传病传递，筛选健康胚胎移植的方法，但是并不说三代试管筛选了基因就不会导致胎停，以下是导致胎停的原因：
胚胎停育最常见的因素有孕妈自己的身体原因以及胚胎染色体异常，两个加在一起的话，胎停育的现象还是比较容易发生的，所以在胚胎移植后一定要相当注意，之前发生过胎停育的，尽量等休养好身体后在进行试管。
由此可见，三代试管胎停的原因还是比较多的，主要分为两个方面，其中之一是三代试管技术方面，另外一个就是孕妇的因素，此外，并不是说所有的女性都是适合做试管婴儿的，做试管的条件根据每一代的不同而不同，第三代试管一般是针对夫妻染色体异常或者有遗传病的情况，挑选出正常的受精卵进行移植，确保孩子的健康。
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