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三代胚胎筛查完冷冻保存一般是没有太大影响的，毕竟该项目主要是将胚胎和冷冻液装入冷冻管中，经过慢速和快速两种降温方式使胚胎能静止下来并可在零下196度的液氨中保存的一种方法。而在-196℃的超低温环境下，胚胎的代谢活动几乎全部终止，因此胚胎冷冻对胚胎的影响很小。但考虑到患者的年龄对胚胎移植的影响、冷冻时间延长产生的额外费用以及避免造成医疗浪费，建议胚胎冷冻时间不宜过长。
冷冻胚胎一般不会把胚胎冻坏，并且也没有过期的说法，但要注意的是，临床上建议保存冷冻胚胎的期限应该不超过10年。因为可能会存在一些其他影响，只是目前尚无足够证据证实胚胎冷冻保存时间超过6年，对冷冻胚胎移植的安全性有影响，也就是说，冷冻胚胎远期的安全性，尚需更长时间的医学观察。
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