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孕期染色体基因检测能检查出a3型短指症，因为短指症就是一种常染色体显性遗传病，作为染色体异常疾病中的一种，是可以通过染色体检查或者基因筛查技术诊断出来的，由于短指症具有一定的遗传概率，并且属于显性遗传病，建议夫妻在婚前、孕前一定要做好染色体检查。
染色体是遗传信息的载体，主要检查有没有存在染色体方面的异常或者遗传性的染色体疾病，但染色体检查不能发现所有的染色体异常，比如它不能发现单基因异常，也不能发现染色体微结构异常，如果存在这些异常建议做全基因检测比较好。
据了解，短指症一般在出生时就会表现出来，有家族史的患者子女的发病风险大概是在百分之五十左右，如果夫妻双方均为短指症患者，那么子女的发病率就会高达百分之七十五，但是家庭成员中非患者的子女在一般情况下是不会发病的。
虽然造成短指症的主要病因就是因为染色体异常，但是其他原因也可能造成短指，比如先天性梅毒和内分泌功能障碍也会致畸，需要注意的是，短指症是可能遗传给下一代的，所以及时正确的治疗是非常关键的，同时选对治疗方法和选择一家正规专业的医院也是很重要的。
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