不孕不育症女性患者做试管婴儿囊胚移植失败后第二次月经颜色发黑可能是由于妇科疾病、内分泌失调，或者是外界环境刺激等因素导致的：

1、妇科疾病：如果黑色分泌物持续时间较长，或伴有腹痛、阴道瘙痒等症状，可能与妇科疾病有关，如宫颈炎、子宫内膜炎等。这些疾病需要及时治疗，否则可能会影响生育能力；

2、内分泌失调：试管婴儿过程中，女性需要使用激素类药物进行促排卵，这些药物可能会影响内分泌系统，导致内分泌失调，从而引起月经不调、黑色分泌物等症状；

3、外界环境刺激：经期受凉、剧烈运动也会引起月经排出异常，可能会导致月经颜色发黑，通过改变外界环境刺激可以改善。

另外要注意，患者在月经期间受到寒冷刺激或饮食不当，也会导致此症状发生，因此建议患者在月经期间注意保持心情愉悦、放松，注意保暖。因此对于短时间或偶尔一次出现此类症状，可以暂时观察。但如果频繁出现这种情况，建议及时就医，完善相关检查，在专科医生的指导下对症治疗。

试管移植失败后第二次月经发黑并不是怀孕了，因为怀孕后女性首要的征兆就是出现停经的现象，如果出现月经超过一周还没有来的情况，就需要考虑是否和怀孕有关。但要注意的是，在试管移植失败后月经推迟一周的状况是非常正常的，并不能直接判断是否怀孕成功，建议最好前往医院进行抽血检查，通过HCG浓度来进行判断。