供精试管婴儿第一次失败后，移植剩下胚胎生的孩子一般是不会畸形的，但具体情况如何，需要考虑到其他因素，毕竟引起畸形的原因有很多，例如接触辐射，服用药物，不良习惯等：

1、接触辐射：如果女性在孕期接触了放射性的物质，可能会导致胎儿畸形；

2、服用药物：如果孕妇在孕期乱用药物，尤其是孕期前3月胎儿高度致畸期，就会影响胎儿正常发育，可能引起胎儿突变，也可能引起胎儿畸形；

3、不良习惯：比如孕妇长期抽烟，喝酒，也可能会引起胎儿畸形。

因此不孕不育症夫妇做供精试管婴儿怀孕成功后，一定要注意生活习惯，避免接触辐射，以及胡乱服用药物，否则就可能会影响到胎儿的健康。另外要注意，全身性疾病，例如TORCH综合征等，可通过胎盘或产道感染胎儿，胎龄越小，发生先天畸形的风险越高，程度越严重。

正常情况下，夫妻二人做供精生下的孩子一般是不会有自闭症的，因为国内对于供精者的要求是非常高的，一般要求捐献者及其近亲属无严重遗传病、精神病、智力障碍等病史，以降低遗传病的传播风险，不仅如此，捐献者的精液还需符合一定的质量标准，包括精子数量、活力、形态等方面的指标，以确保成功受精的可能性。