正常情况下，孕妇在镇上卫生院建档和医院建档不一样，主要存在与三个方面，分别是规模、服务对象和功能：

1、规模不一样：一般医院能够容纳几千人以上，规模特别大，而社康中心是为一个社区服务，容纳人数有限，整体来看社康中心的规模明显没有医院大；

2、服务对象不一样：医院服务对象是所有患者，就是患病之后，不管是在什么地方都可以去医院治疗，社康中心一般是针对本社区服务，主要是帮助病人恢复及康复；

3、功能不一样：社康中心承担公共卫生任务，主要是看病，健康档案，教育，老年保健，卫生监督等等；医院通常是一个地区的主要医疗机构，有大量的病床，可以同时为许多病人提供重症监护和长期照顾。

以上就是镇上卫生院建档和医院建档的不同点，需要注意的是，针对初次生育的患者，建议提前了解清楚孕妇第一次建档的流程，然后再前往医院进行操作，只是要注意，不同地区的不同医院建档时间也不同，比如北京大部分医院都是在怀孕 12周之前就要建好档，甚至有的医院在怀孕9周前就要建好，不然就建不上了。

镇上卫生院建档和医院建档都是比较好的，只是建档的目的不同罢了，前者目的是领取手册，而后者主要是在医院建立一个档案，方便记录后续的产检结果报告单以及其他相关事项，需要注意的是，在医院建档时还需要进行身体检查，例如肝肾功能、甲状腺功能，以及TORCH等，另外，还需要憋尿做腹部彩超，所以抽血检查后需要尽量多喝水，保持膀胱充盈。