上海市第六人民医院擅长骨科、耳鼻喉科、内分泌科、超声科、放射科等，其中骨科、耳鼻喉科非常出名。从临床来说，上海市第六人民医院的骨科全名是骨科-创伤外科，该科由三个临床科室组成（创伤外一科、创伤外二科、创伤外三科），主要从事四肢及骨盆髋臼骨折的内外固定。治疗水平居国内领先地位。

另外，上海市第六人民医院的耳鼻咽喉科为上海交通大学及第六人民医院重点专科，附设上海市听力测试中心、鼾症诊治中心、上海交通大学眩晕疾病诊治中心，牵头成立了上海交通大学医学院耳鼻咽喉科研究所、上海东方耳鼻咽喉科研究所，为上海交通大学博士、硕士学位研究生培养点、博士后流动站，苏州大学硕士学位研究生培养点。

复旦大学附属中山医院擅长的科室有呼吸内科、心血管内科、普通外科、心外科、胸外科等，其中呼吸内科比较出名，该科室是由我国著名肺病学家、防痨事业奠基人之一吴绍青教授创立。也是国内最早建立的肺病学研究室，也最早在国内开展无创正压通气、保护性机械通气、心肺功能监测、肺泡液体转运与肺水肿治疗。总之，该院各学科建立了良好的疑难病的诊治和会诊机制，为病人提供了优质、高水平的医疗服务，都可以选择。