三代试管不能检查男性精子染色体xy的比例，因为根据我国目前的相关法律规定，试管婴儿除非有医学指征，如性染色体遗传疾病等，否则不允许自行选择试管婴儿的性别，不然就属于违法行为。除非是存在于性遗传病的情况，即遗传病的发生与后代性别呈明显关系，才可通过试管婴儿技术阻断的伴性遗传病。

当然，如果单纯是说第三代试管婴儿技术，是可以实现染色体xy的比例的筛选的，因为三代试管技术也称胚胎植入前遗传学诊断/筛查(PGD/PGS)，医生在移植前会取胚胎的遗传物质进行分析，查看胚胎染色体是否异常，所以也可以选出携带x或者携带带y染色体的精子。

此外，不管是几代试管婴儿技术，其移植后生男生女的概率和自然受孕是一样的，因为男性精子中的x精子和y精子数量相当，所以说，和卵子结合的概率是一样的，如果x精子和卵子结合，就生女孩，反之就是生男孩，几率各占百分之五十，不收到试管婴儿技术的干扰。

三代试管是可以选性别植入的，不过医院不可以，你可以去找私立机构，比如香港宝仁问下，但是三代试管选性别是因为能通过基因检测判断出胚胎的性别，而你的问题是精子问题，如果是你的精子Y染色体有问题的，根本不能和卵子合成男胚的，那三代试管也是帮不了你的，所以还是先查清楚精子问题是哪种问题再询问下医生吧。