怀孕40天后流褐色颜色的血是不太正常的，首先考虑是因为先兆流产所导致的，因为先兆流产的表现就为阴道流血、小腹疼痛等症状，另外也要考虑到有可能是因为宫外孕妊娠囊处破裂所导致的出血，最后也不排除是因为患有阴道炎症，所以当出现这种情况的时候多半都不是什么好事，建议你立刻去医院做检查来确定具体病因，然后在做相应的处理。

当女性在怀孕40天后流有褐色分泌物或褐色血出现时，这种现象的原因主要有以下几种情况：

1. 1、宫外孕：宫外孕一般在停经40天左右出现阴道流血，多伴有下腹部的隐痛、胀痛、坠痛等，此时进行尿妊娠检查可为阳性，而超声检查宫腔内见不到妊娠的胚囊，往往在输卵管的部位可以发现异常的肿物；
2. 2、阴道滴虫感染：这种感染出现易造成白带增多，还会伴有恶臭，同时还会发生阴部的瘙痒，普遍的认为这种感染是性病的一种，很容易在伴侣之间相互感染，治疗时必须同时治疗性伴侣才能杜绝交叉感染而彻底治愈；
3. 3、先兆流产：主要表现是在怀孕早期出现怀孕出血和腹痛，一般在先兆流产阶段，阴道出血较少、腹痛轻，如果没有胚胎发育异常，经过保胎治疗，出血就会停止，可以继续妊娠；
4. 4、月经：有可能是怀孕后少量月经的表现。