不孕不育症女性患者做试管婴儿胚胎移植后大便发黑可能是因为饮食因素、药物因素、消化系统疾病或者某些全身性疾病引起的：

1、饮食因素：进食颜色较深的食物如黑木耳、黑芝麻、动物血制品等，可能导致大便颜色变黑；

2、药物因素：一些药物，比如铁剂、铋剂、何首乌等，可能由于药物的作用导致大便发黑；

3、消化系统疾病：例如胃溃疡、十二指肠溃疡、贲门黏膜撕裂伤等，可引起消化道出血。血液在肠道内经过消化液的化学反应，可使大便呈现黑色；

4、全身性疾病：诸如白血病、血友病、维生素K缺乏症等全身性疾病，也可能引起消化道出血，进而导致大便发黑。

如果患者已经排除饮食和药物的影响，则需要及时前往医院进行就诊，请医生明确病因，必要时进行相应的治疗。而在此期间，为避免加重疾病，就需要保持饮食健康，应做到少盐、少油、控糖，同时尽量避免或减少食用腌制、油炸等食物，针对不知道该怎么吃的患者，可以多食用一些医生推荐的容易让胚胎着床食物来提高妊娠率。

正常情况下，女性患者做试管胚胎移植后大便发黑并不是着床了，并且该现象与胚胎着床并无任何关系，建议患者最好及时前往医疗机构进行详细检查和治疗，如果想要确定自己是否着床成功的话，最好使用试纸进行检测，或者是在医院进行抽血查HCG的浓度来进行判断。