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拮抗剂方案和长方案除了适用人群不一样外，在用时长短和开销上也都存在一定差异，其中用时上，拮抗剂方案促排不需要降调节，时间就会相对比较短；而长方案需要降调然后再开始加用促性腺激素促进卵泡生长，用时较长。
另外，费用上，长方案使用的药物会多一些，所以费用也会高一些；拮抗剂方案只需要促排卵药物的费用，所以费用会比长方案低一些。最后，两个方案在获得的卵子数量上也是不同的。其中长方案取出的卵子数量会更多一些，拮抗剂方案促排后获得的卵子数量相对较低。
根据相关了解，促排方案的成功率没有最高的，只有最合适的，因此拮抗剂方案和长方案的妊娠率其实都是相差不大的，数据一般在40%-60%左右，但该成功率只能作为参考，毕竟年龄是影响试管婴儿成功率的重要因素，随着年龄的增加，男性的精子质量会有所下降，这不仅体现在精子浓度、活动力方面，还可能影响精子的遗传物质，比如精子DNA碎片率、抗精子抗体升高等方面。
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