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46岁不孕不育症夫妇做试管婴儿选择供卵和自卵的区别主要在于流程、助孕时间、血缘关系，以及妊娠率等等，其中流程方面，供卵试管的流程比较简单，不需要促排可以直接培养胚胎，而自卵则需要在医生指导下进行促排和取卵，获取到卵子后才能进行精卵结合受精和胚胎培育。
助孕时间上，供卵试管的时间要比自卵助孕更长一些，因为国内的卵源非常匮乏，需要等待3-5年，甚至更长时间才能等到卵源进行助孕；而在血缘关系方面，供卵试管宝宝与母体是没有关系的，而自卵试管婴儿生育的小孩与母体有基因遗传关系，也就是血缘关系。另外，在妊娠率上，46岁做供卵试管的数据可能要比自卵助孕更高一些，因为医院的卵子质量相对46岁女性的生殖细胞质量更高一些。
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