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目前暂时不清楚全周染色体和外周染色体的差异，但如果全周染色体是指的染色体核型分析，则他们的差异还是很大的，其中核型分析可以检测染色体数目和结构异常，包括染色体缺失、添加、倒位、转座和染色体数目的多或少。而外周血染色体检查一般只能检测数目异常。另外检查方式也不一样，核型分析检测的是从体内细胞中获取的染色体组成，而外周血染色体检查是通过血液样本进行检测。
根据相关了解，全周染色体如果是指染色体核型分析则与外周染色体并不一样，其中核型分析需要进行细胞培养，需要较长的时间等待细胞足够分裂，通常需要2-3周时间。而外周血染色体检查则不需要进行培养，通常可以在1-2天内获取结果。另外，如果患者需要了解表观染色体异质性，则就只能通过核型分析来检测，而外周血染色体检查无法检测到这种异质性。
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