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上海新华医院的生殖医学中心是从事人类辅助生殖技术的专业科室，该中心目前没有新的治疗方法，但是能针对输卵管阻塞、高龄卵巢储备低下、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、男性性功能障碍、严重少弱精子症、无精子症、不孕合并肥胖症、自身免疫性甲状腺疾病、胰岛素抵抗、复发性流产等各种原因引起的不孕不育症进行有效助孕治疗。
另外，上海交通大学医学院附属新华医院的生殖医学中心与新华优势的产科、儿科、遗传等学科互补，建立了多学科相结合的协作组，对不孕不育夫妇进行个体化治疗，并构建从孕前到婴幼儿期“生命千天”疾病筛查、预防、诊治与远期随访体系。同时，上海交通大学附属新华医院的生殖医学中心还与美国哈佛医学院、波士顿生殖医学中心进行交流。
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