海军特色医学中心的医疗水平十分发达，由政府举办并纳入财政预算管理，属于事业单位，不是国企、从临床来说，人民解放军海军特色医学中心是海军最高级别医疗机构，主要为航海、航空与潜水等海军特殊职业病的研究、预防、诊治任务，其中中心潜水医学处于亚洲领先、世界先进水平，航空与航天医学在国内有突出影响，其他医疗学科各有特色和成果。

另外，海军特色医学中心为南京军区总医院博士后流动站、上海交通大学、上海中医药大学硕士研究生带教点、海军军医大学任职教育实践教学基地、南京医科大学、吉林医药学院等多家医学院校的临床教学医院等。另外。海军特色医学中心的心内科、消化内科、生殖中心是原南京军区医学专科中心，而肝胆外科则是上海市医学领先专业“胆道重点专科”。

海军特色医学中心是一家医院，不是公务员。从临床来说，人民解放军海军特色医学中心成立于1954年12月，主要担负海军特殊职业病研究、预防、诊治，应急支援保障，南山场站医院飞行员生理心理保障中心派驻保障，海军招收飞行学员医学选拔鉴定、舰载战斗机飞行员健康鉴定等任务。另外，该中心立足上海本地，在为部队官兵提供医疗保障的基础上，也同样承担着为民优质服务的社会职能。