虽然306医院和北医三院都在北京，还是公立的三级甲等医院，不过这两个医院在创立年份、地址、擅长科目等方面有一定的差异性，其区别如下：

1、创立年份：北京306医院创建于1971年，北医三院始建于1958年；

2、地址：北京306医院在北京市朝阳区德胜门外安翔北里9号，北医三院在北京市海淀区花园北路49号；

3、擅长科目：北京306医院擅长骨科、内分泌科、口腔科、普外科等，北医三院擅长骨科、泌尿外科、康复医学科等。

一般来说，公立医院可能提供更经济实惠的选项。此外，还需要考虑你是否有医疗保险，以及保险是否覆盖医院的费用。另外，公立医院的设施和技术水平也有差异，需要根据具体医院的情况进行评估。因此，选择医疗机构应该综合考虑个人的经济状况、保险情况、就诊需求以及医疗机构的设施和医生资源等因素。

北京306医院的口腔科、普外科比较厉害，前者被总后卫生部批准为全军口腔疾病诊治中心。科室人才梯队合理、技术力量雄厚、医疗设备先进，设有综合诊疗室、特需诊疗室、外科诊疗室、种植诊疗室等，提高了理论和业务水平。另外，后者开展华北地区首例肝脏移植，并相继开展了肾脏移植及器官移植的实验研究工作。曾获全军和省部级科技进步奖、医疗成果奖多项。在肝癌、胆囊癌、胆管癌、胰腺癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、腹膜后肿瘤等疾病的手术切除为主的综合治疗方面已达国内一流水平。