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试管婴儿和自然受孕的区别在于试管的受精是发生在体外，而自然受孕的受精是发生在体内，因为试管婴儿是通过人为的方法将女性卵巢内的卵子取出，在体外将卵子与精子进行结合，发生受精形成受精卵并进一步培养为胚胎，最后将胚胎移植入女性的子宫腔内。
而自然受孕是男女双方在没有避孕的前提下进行同房，留在女性阴道内精液中的精子会通过阴道、子宫腔到达输卵管腔，在输卵管与卵子相结合，形成受精卵，再通过输卵管到达子宫腔进行着床，并进一步发育为胚胎。需要注意的是，不管是哪种受孕方式，都不能保证百分之百成功。
试管婴儿和自然受孕是两种不同的受孕方式，没有哪种方式更好的说法，只要婴儿是健康的就是好的。只是要注意，如果患者存在染色体异常的话，则选择试管婴儿会更好一些，特别是第三代试管婴儿，因为该技术在胚胎移植前，进行遗传物质分析，筛选出健康胚胎进行移植，从而防止遗传病的发生。
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