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据统计，二代试管婴儿胎儿染色体异常的发生率约为1%~3%，这意味着每100个胚胎中就有1~3个可能存在染色体异常。这主要是由于人类基因组的复杂性和多样性导致的。需要注意的是，以上数据都只能作为参考，因为女性年龄是影响染色体异常几率的重要因素之一。随着女性年龄性，母细胞质量逐渐下降，导致染色体异常的机会增加。
另外，男性患者的精子畸形率非常高的话，也会导致二代试管婴儿胚胎染色体异常的概率会更大一些。不仅如此，长期暴露于辐射、化学物质或其他环境污染物的人，或者是存在家族遗传病的话，其第二代试管婴儿胚胎出现染色体异常的机会增加。
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