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胎儿y染色体微缺遗传几率相对比较大，因为该情况一般会遗传给儿子，但这种遗传缺陷不会遗传给女儿，因此如果男性有检查出该现象，建议这类不孕不育症夫妇选择第三代试管婴儿是相对比较不错的，毕竟该项目的胚胎植入前遗传学诊断能判断生殖细胞的染色体具体情况，然后选择健康的生殖细胞进行种植。
目前暂时不清楚y染色体微缺失遗传概率，但由于该疾病是伴性遗传，因此家族中兄弟比较多的话，该异常基因遗传概率会更高一些；反之男方家族中姊妹数量相对比较多的话，则遗传概率并不是很高，只是具体情况后，建议各位夫妻以自身实际情况为准，毕竟每对夫妇的基因遗传情况都存在一定差异。
需要注意的是，该染色体基因可能会导致无精子症或严重少精子症，毕竟Y染色体可以分为长臂(Yq)和短臂(Yp)，在长臂上有一个决定男性生精功能的区域称为AZF区，该区域进一步分为AZFa、AZFb、AZFc等区域。若男性Y染色体微缺失，这种情况下夫妻之间自然怀孕的几率是比较低的。
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