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上海六院是三级医院，临床医学十分发达。从临床来说，上海六院设有上海市四肢显微外科研究所、上海市糖尿病研究所、上海市糖尿病重点实验室、上海市睡眠呼吸障碍疾病重点实验室、上海市骨科新材料与修复再生工程技术研究中心等，目前是是全国综合医院中医药工作示范单位，是国家基层糖尿病防治办公室、上海市急性创伤急救中心、上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市脑卒中临床救治中心和上海市传染病专科诊治中心挂牌单位等。
上海六院不是专科医院，而是综合医院。从临床来说，上海六院现有国家临床重点专科6个（骨科、内分泌代谢科、耳鼻咽喉科、医学影像科、运动医学科、急诊医学科），国家重点学科3个（骨外科学、内分泌与代谢病学、心血管病学），国家中医药管理局重点专科1个（针推伤科），国家卫生健康委妇幼司国家更年期保健特色专科1个（妇产科），上海市“重中之重”临床医学中心2个（创伤骨科与骨关节疾病临床医学中心、内分泌代谢疾病临床医学中心）等，医疗水平很高。
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