上海瑞金医院和上海仁济医院都有消化科，而且都是比较好的，都能选择。从临床来说，瑞金医院消化内科迄今已有70年的历史，拥有消化门诊、消化病房、消化内镜中心、胃肠动力研究室和消化实验室等部门。总面积5003m2，开放床位数72张，每年门诊诊治病人16.6万人次左右，出入院病人5154人次，内镜检查及治疗7万余人次。

另外，上海交通大学医学院仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所（1984年由江绍基院士和萧树东教授共同创建）的临床和基础部分为主体组成，学科中拥有正高级职称员工15人、副高者近20名；博士生导师12人（现职7人）、硕士生导师17人。现有医生56名。2013年消化科门诊量35万人次/年、内镜量超过7万人次/年。

上海交通大学医学院附属仁济医院擅长消化病科、风湿免疫科、泌尿外科、不孕不育科等，其中风湿免疫科最厉害，该科室是国内最早的风湿病学科之一，在国内外均具有重要的影响力，学科大大提高了风湿性疾病患者的生存率，生活质量得到了极大的提高，连续5年为国内门诊量最大的风湿病专科。学科综合实力强，辐射面广，医疗技术水平高，其中系统性红斑狼疮的诊治水平已走在国际领先行列。