上海九院不是私人医院，属于公立医院。从临床来说，上海交通大学医学院附属第九人民医院前身是伯特利医院，1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院，2005年 上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。

另外，2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医院，属三级综合性医院)资源整合，南北院区，统一布局，统一管理。2015年10月，上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。

上海九院是经济类型为国有和集体办的医院，属于国企。从临床来说，上海九院是一所以口腔、整复外科、骨科和眼科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院，主要从事急危重症和疑难疾病的救治。同时，上海九院也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。另外，上海九院现拥有3个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。