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北京空军总医院和航空总医院的医疗水平都比较发达，综合实力也很强，两家医院都比较好。从临床来说，空军总医院担负野战医疗所、空运医疗队遂行保障任务，承担着空军驻京单位医疗保障任务，同时，为全国各地的地方广大患者提供医疗服务。
另外，北京民航总医院是一所集医、教、研为一体、具有航空医学特色的、不断发展、富有朝气的现代化综合医院，不仅承担民航系统干部职工的医疗、保健、健康检查和航空疾病的研究工作，同时也积极承担北京市企事业单位和周边社区广大群众的医疗服务工作。
北京航空总医院擅长、心血管内科、肝胆外科、泌尿外科、骨科、胸脑乳腺外科等专科，其中消化内科是民航总医院主要临床科室之一，集临床、教学和科研为一体，科室所有医生均为研究生毕业，专业理论扎实，技术力量雄厚，临床经验丰富。另外，消化内科在2009年进行了多例食管静脉曲张硬化治疗及套扎治疗，取得了非常好的疗效，ERCP数量较前年增加，并开展了无痛胃镜及肠镜，使服务更加人性化。
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