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北京306医院的医疗水平比较发达，擅长骨科、内分泌科、口腔科、普外科、心血管内科等。其中，内分泌科在军内外具有一定知名度和学术影响力学科，科室以多学科协作为防治糖尿病慢性并发症为特色，在糖尿病足病诊断治疗上达到国内先进水平。
另外，北京306医院的口腔科被总后卫生部批准为全军口腔疾病诊治中心，科室人才梯队合理、技术力量雄厚、医疗设备先进，设有综合诊疗室、特需诊疗室、外科诊疗室、种植诊疗室等，并邀请国内外知名学者及留学人员来科进行教学活动，提高了理论和业务水平。
北京309医院也是专业皮肤病医疗机构，主治白癜风、牛皮癣、青春痘等皮肤病。从临床来说，解放军第309医院现已成为北京市西北郊唯一的三级甲等大型综合性医院，该院的骨科、普通外科、肝胆外科、消化内科等学科在军内外享有较高声誉，先后被评为北京市花园式单位，首都文明单位，国家级爱婴医院。
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