到达北医三院的出行方式有不少，其中地铁比较快捷，患者可以从北京北站步行630米至南西门站，乘坐3号地铁到知春路站下车，步行310米至知春路站乘坐地铁10号线至西土城站（B东北口出）下车，然后从西土城站（B东北口出）再步行1.1公里即可到达北医三院。

此外，患者还可以从北京北站乘坐地铁2号线（内环），在积水潭站转换为地铁10号线（外环），在苏州街站下车，从D口出站，步行约750米（大约需要10分钟），即可到达北医三院。另外，以上路线仅供参考，可能受到外界因素的影响而有所变化，需以实际情况为准。

北医三院也可以坐公交车去，例如乘坐331路、375路、386路、438路、478路、484路、603路、606路、632路、686路、693路、夜14路路公交，在北京航空航天大学站（马路东侧站）下车，向南步行100米，到达花园北路口后，向东500米，即可到达医院南门。另外，也可以乘坐21路、94路、579路、601路、653路、658路、夜9路公交在塔院小区南门站下车，沿北土城西路辅路向西行走80米，右转进入塔院西街，行走540米，到达花园北路，过马路向东行走100米，即可到达医院南门。