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三代试管宝宝和正常怀孕宝宝畸形率都是一样的，之所以有人会认为试管宝宝畸形率高是因为在一代试管受孕的过程中，受人工环境的影响，可能会导致胎儿的生长发育出现问题，以至于出现很多畸形宝宝。不过，选择做三代试管的话，畸形概率会降低不少，不过还是建议定时去医院做产检筛查胎儿是否有畸形，一旦发现畸形就建议临床上要给予终止妊娠。
其实，目前没有证据表明试管婴儿的畸形率更高，试管婴儿其实跟自然怀孕一样，都有可能发生流产、宫外孕、胎儿畸形、死产、死胎等异常的情况。试管婴儿可以挑选好的胚胎进行植入，相应可以降低一些由于遗传性疾病或者由于男方精子、卵子质量差而引起的胚胎发育不良，同时第三代试管婴儿通过筛选胚胎，还可以降低遗传性疾病的发病风险。
如果试管婴儿的父母有染色体数量异常、基因缺陷等情况，或怀孕期间长期受到病毒感染、电子辐射等影响，可能导致胎儿畸形。所以，试管婴儿的畸形率不是特别的高，而且成功受孕之后也是会和正常怀孕做产前检查的，这样也是能够排除胎儿出现畸形的，女性不要给自己太大的精神压力，一定要保持一个良好的信心，在医生的指导下进行试管婴儿。
临床大数据显示，试管婴儿畸形率并不比自然怀孕的概率高，反而试管婴儿的行为发育要比自然怀孕的婴儿出色，试管婴儿是指采用人工方法让卵细胞和精子在体外受精，并进行早期胚胎发育，然后移植到母体子宫内发育而诞生的婴儿，属于辅助生殖技术。
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