在海军总医院做第三代试管婴儿是不可以选择男女的，国家有明令禁止非医学需要的试管选择性别，不单是在海军总医院做第三代试管不能选性别，目前在国内的其他任何医院做第三代试管都不会提供这项服务，除非夫妻有一方或两方都有严重的性别遗传疾病时才能选择性别。

根据我国目前的法律规定，为了保证优生优育，除了医学需求外任何医院和机构都是不能进行胎儿性别选择的，否则是需要承担责任的，因此，在海军总医院做第三代试管婴儿不能选择男女，其实大家也不要太过于关注宝宝性别了，只要宝宝健健康康的，对父母来说就是最好的。

大家要明白的是，三代试管婴儿技术目的不是为了进行性别选择，而是要筛选掉致病基因，阻断致病基因随子传递，不过有些特殊患者，比如Y染色体微缺失，因为生男孩其子代会发病，所以这类患者会建议进行性别筛选，选择生女孩，这样才能避免下一代也得这种病。

当然不可以，除非有基因遗传疾病，要不然都是不可以选的，只能自己找路子，有些是可以的。我一个朋友就找了香港优亚中心安排在国内深圳三甲医院做的三代试管，胚胎筛查报告是香港机构出的，筛查23对染色体当然也包括性染色体，是XX还是XY都明明白白的，然后医生配合植入XX或XY，看你想要女儿还是儿子。