上海同济医院的科室比较多，其中最擅长骨科、心血管内科、精神神经学科等。从临床来说，上海同济医院拥有上海市重中之重临床重点学科骨外科学、精神神经学科，上海市重点学科心血管内科，上海市床重点专科精神医学科、脊柱外科、消化内科。

另外，该院整合学科优势，基于多学科合作，血液内科建立的难治复发血液系统恶性肿瘤治疗体系入选国家临床重点学科建设项目，并成功打造三个国家级中心一一高级卒中中心、胸痛中心及创伤救治中心，成为沪西北地区的大型急诊危重症与疑难杂症综合诊治中心。

上海长征医院擅长骨科，该科室是国家重点学科，国家211工程重点学科之一。已发展为融临床、科研、教学为一体，脊柱外科、创伤骨科、修复重建外科和关节外科四个专业学科并行发展的骨外科学科模式。学科医疗和科研环境相对独立，现代化的检测、诊疗设施和手术条件接近世界一流水平。另外，该院的皮肤科也不错，是长征医院成立最早的学科之一，是上海市临床重点专科。科室以疑难皮肤病与真菌病诊治为一大特色，国内外首次发现12种新型致病真菌及其引起的新疾病；提出系列真菌病的救治新原则，被多项国际指南采纳。