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北京协和医院以前是清华的附属医院，从临床来说，协和医院成立于1921年，是国内最早的私立医院之一，由美国基督教长老会、美以美会、美国公理会等几个教会联合创办。另外，在历史上，协和医院曾是清华大学医学院的附属医院，但后来转为北京市属医院，目前与清华大学均无明确的附属关系。
北京协和医院和北大是合作关系，但是在2000年北京协和医院的学院与北京大学合并，成为北京大学医学部，因此北京协和医院的学院和北京大学的关系则是合并关系。总的来说，北大医学部和协和医学院都属于北京大学，但是并不是同一所学校。
另外，北大医学部与协和医学院并列为北京大学医学部门，北大医学部是北京大学独立建制下的一个学院，而协和医学院则是由原协和医学院与北京大学医学部合并而来。因此，虽然两个学院名字中都有“医学院”三个字，但是它们的历史背景和组成结构并不相同。
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