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y染色体微缺试管怀孕生男孩可能会畸形，但这并不是绝对的，只是说发生畸形的概率比较小。因为三代试管婴儿可以针对染色体结构异常和有明确的基因诊断的单基因疾病进行筛选，从而挑选出健康的胚胎进行移植，可以在一定程度上降低遗传病传递的概率，但还是有小部分概率出现问题，毕竟技术再先进，也不能保证百分之百的准确率。
“y”染色体微缺失，这种情况表示胎儿决定性其他染色体有轻微的异常，是一种先天性的疾病，生育的男性宝宝100%遗传AZFc缺失基因缺陷，包括生精功能出现障碍，睾丸发育不良等，所以大多数情况下都是建议做试管，择出健康的x染色体胚胎进行移植，生下女孩，这样就可以避免遗传，达到优生优育的目的。
当然，如果最后怀上了男孩，也不是说一定会发育畸形，建议在孕期做好检查，助更精确的检测方法，包括羊水穿刺检查等来确定胎儿染色体是否正常，如果只是轻微的，大多数情况下是不会影响胎儿发育的，大家不用担心。但如果情况比较严重，则需要根据医生的建议考虑终止妊娠。
总之，如果男性患有Y染色体缺失，是非常不利于生育的，生男孩发生畸形的可能性也有，所以大家最好慎重考虑。建议尽量选择去正规大型的三甲医院进行手术，因为这些医院实验设备和医生都比较专业，筛查准确率更高一些。
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