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Y染色体缺失做试管的成功率在50%左右，但具体妊娠率需要考虑到其他因素，例如子宫内膜的厚度和形态，因为子宫内膜的厚度和形态对胚胎的着床至关重要。良好的子宫内膜厚度和形态能够提供更好的着床环境，从而提高胚胎的着床率。子宫内膜过薄或形态不佳都会影响胚胎的种植，甚至导致着床失败。
另外要注意，子宫内膜的病变，如子宫息肉、子宫内膜增生、子宫内膜炎、宫腔粘连等，都会影响胚胎的着床。因此在移植前，医务工作人员需要对患者的子宫内膜进行全面检查，如有病变需及时治疗。除此之外，保持积极乐观的心态也是非常重要的，因为专家认为精神高度紧张会影响女性的内分泌水平，也会致使血管长期处在收缩的状态，影响卵巢、子宫局部的血流，从而引起移植失败。
男性y染色体微缺失做试管有影响，因为Y染色体微缺失可能会影响男性生育能力。临床常见Y染色体A区、B区、C区缺失，会影响睾丸神经功能，导致无精子症或者重度少精子症，进而影响男性正常生育功能，对于男性其他部位健康、性功能不会造成影响。只是对于有生育要求患者，做试管婴儿的话，也会降低妊娠率。
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