囊胚着床后总是咳嗽一般是不正常的，因为只有出现细菌、病毒等各种病原体感染才会引起，而且各种病原体可能会对孕妇的身体造成一定危害，也可能对受精卵着床以及胚胎造成一定影响，另外剧烈咳还可能诱发子宫收缩，甚至可能引起先兆流产。这种病情比较要紧，需要及时在专业医生的指导下进行积极规范性的治疗。

根据相关了解，患者在囊胚着床后总是咳嗽一般建议大家先明确自己的具体情况，再来进行调理和改善，例如如果是生理性因素导致的，平时注意休息，多喝温开水，清淡饮食即可，同时还要做到出门戴好口罩。但如果是由于支气管炎、过敏性咳嗽，或者是上呼吸道感染等情况导致，可以通过以下方式进行治疗：

1、支气管炎：急性支气管炎以支持对症治疗为主，如复方甘草合剂止咳化痰等，有细菌感染证据时可抗感染治疗，如阿奇霉素、阿莫西林等。而慢性支气管炎需要根据不同病情选择左氧氟沙星、头孢呋辛等、复方甘草合剂、复方氯化铵合剂等、如氨茶碱、沙丁胺醇等；

2、过敏性咳嗽：应当及时明确具体过敏原，远离过敏原，可以使用抗过敏的药物来进行缓解，比如氯雷他定、吸入信必可等；

3、上呼吸道感染：若症状严重，患者可遵医嘱使用利巴韦林、阿昔洛韦等药物治疗。如果是细菌感染引起，可遵医嘱使用头孢呋辛酯、阿莫西林等药物治疗。患者平时要注意保暖，避免着凉，多喝水，多吃新鲜水果蔬菜，避免辛辣刺激性食物，注意休息，避免劳累，适当运动，增强自身抵抗力。

需要注意的是，患者在囊胚着床后有出现咳嗽一直不停的症状时，患者应及时前往专科医院就诊，需用药时，必须咨询专业呼吸内科医师的诊疗建议，而不能自行盲目用药。以上药物需在专业医师和药师指导下规范、合理应用。